上海至九江的列车运行按线路的不同，经过的城市：
沪杭、浙赣、昌九铁路运行：上海、嘉兴、湖州、杭州、金华、上饶、抚州、南昌、九江。
沪宁、宁铜、铜九铁路运行：上海、苏州、无锡、常州、镇江、南京、马鞍山、芜湖、铜陵、池州、九江。
沪宁、宁合、合九铁路运行（高铁线路）：上海、苏州、无锡、常州、镇江、南京、滁州、蚌埠、合肥、安庆、九江。
