酵母菌属于真核微生物，同时又具有原核生物的某些特征。重要的是酿酒酵母的基因组只是大肠杆菌的2.6倍，因此酿酒酵母已成为目前在分子水平上研究真核生物的重要材料。
1.酿酒酵母的单倍体细胞含有16条染色体，总长度为12068kb，其中第Ⅰ条染色体最短(230kb)，第IV条染色体最长(1532kb)。
2.基因组中没有明显的操纵子结构，有间隔区和内含子。
3.酿酒酵母染色体基因组中，有5885个可能是编码蛋白质的ORF，每个ORF约为1.4kb，而基因间的平均间隔为600bp。
酵母菌的遗传信息是什么
是DNA。
酵母菌细胞核携带有整个细胞的遗传信息，实际上是所有生物化学、遗传学过程的控制中心，在代谢和繁殖中起重要作用。在原核生物中，氧化磷化作用在膜上进行，电子传递中的酶及载体也分布在膜上。而酵母菌则集中于线粒体。酵母菌的线粒体是由双层单位膜包围的一种细胞器，由细胞膜分化而成，含有大量的脂、蛋白质和少量的RNA和DNA。内层膜内陷为嵴(crista)，并偏向基质中央，这是酵母菌线粒体的特点。嵴在线粒体中以各种形状出现，与呼吸有产在的酵系分布其上，是能量转化的场所。嵴的两端均匀分布着圆形或多面形的颗粒--基粒，它是线粒体上传递电子的基本功能功能单位。嵴间有一空隙部分称为基质(matrix)，为液相，其内充满了盐类、可溶性物质的颗粒，三羧酸循环的酶分布于其中。酵母菌线粒体比动物的小，直径一般为0.3-0.5微米，长达3微米，分布在细胞质中，每个细胞内至少10-20个(其他真核生物，有的多达50万个左右)，非发酵型的胶红酵母，在呼吸活性高的时期，可见到非常发达的线粒体。酵母菌线粒体内含有一个DNA片段，是长达25微米的环状结构，它在整个细胞DNA中所占百分数因细胞生长期而异。像酿酒酵母，在生长对数期时，此DNA和DNA总量的6%，在稳定期时升至14%。这个比例，比其他物种都大。这种DNA可自我复制，它的形成不受核DNA的控制，而且可能决定线粒体某些性状的遗传。线粒体是能量转化的场所，是电子传递的基本功能单位，是细胞的能量仓库，也是氧化还原的中心。但是，酵母菌只有在有氧代谢情况下才需要线粒体，而厌氧条件或葡萄糖过量，对线粒体的形成或功能都有影响。
