遗传变异度一般会标注在分支线上，代表进化支变化的程度，越短代表差异越小，进化距离越近。
遗传变异度实际代表基因组序列中每个位点碱基的替换频率，计算方法：变异度=变异碱基数/总碱基数(%)。
常见的形式，通常以0-1的小数来表示，代表100个碱基位点的变异度大小。
可以从水平方向上的分支及长度，看到进化谱系随着时间的变化，进化分支长度越长代表着该分支对应的物种或基因的变化越大。
可以描述为某基因相对其他基因在进化时间上更早/更晚。
所以根据基因序列相似度与进化时间假说对这种进化距离进行转换，就可以得到分子钟。
比如，用它分析病毒进化树，甚至可以推断出初代病毒产生的时间点。
