马粪海胆壳坚固，半球形，直径30～40毫米，最大可达60毫米。反口面低，略隆起，口面平坦。步带区与间步带区幅宽相等，但间步带区的膨起程度比步带区略高，因而壳形自口面观为接近于圆形的圆滑正五边形。
海胆的身体通常分为六个部分：体壁（包括壳、棘、围口膜）、内脏、内含物、生殖腺、亚里士多德提灯和内脏液，其中生殖腺有重要作用。
