光合菌的生命周期保质期为１ —２个月是正常的。如过长时间存放，菌液会变成水样，颜色变淡，罐底有大量絮状聚合物，基本会失去效力，但不会产生有毒有害物质。
水体喷洒
水体喷洒适合改良水质、防治鱼病和培养优良藻类时使用。选择晴天上午或下午，将光合菌用池水稀释后，全池均匀泼洒。因本品含菌量高，每毫升菌液应含光合菌的数量为100亿以上，所以每亩施用量为1.5公斤－3公斤。施光合菌的次数根据水质情况确定，水质好可每隔15天施一次水质较肥，水质较差，特别是饲养后期的高产池，应每隔7—10天施一次。
饲料添加
光合菌作为饲料添加剂使用时，可将光合菌菌液喷洒于饲料中拌匀即可，菌液用量为投喂饲料量的1%，现配现用。
注意事项
（一）光合菌可在鱼苗池、鱼种池、成鱼池、亲鱼池、垂钓池和越冬池使用。除养鱼池可以使用外，养虾池使用更是事半功倍。
（二）如果水体已使用消毒剂，应在48小时以后再使用光合菌。实际上，坚持使用光合菌，比频繁使用消毒剂效果要好得多。
（三）光合菌与粪肥配合使用效果更直接、更明显，特别是在鱼苗、鱼种培育池使用，增产增效特别显著。
（四）扩繁好的光合菌应尽早使用，常温贮存不宜超6个月。
（五）光合菌禁止使用金属容器存放。
