究其原因，是由于辣椒的基因组大且非常复杂，辣椒基因组测序要突破三大难点:高度纯合材料获得难、基因组组装难度大、生物学故事解读难度大。
通过解读全球发表的所有关于辣椒的研究论文及其他物种相关的研究成果，研究人员最终选定了以下生物学问题:辣椒基因组扩增的原因，这有助于解释辣椒属基因组的进化茄科的进化，这有助于研究辣椒属在茄科及单子叶植物中的进化地位辣椒人工选择的分子印迹的发掘，这为辣椒分子育种提供重要的基因资源。
通过辣椒与西红柿果实发育全过程的比较分析，获得了辣椒果实成熟后仍然坚硬等生物学特性相关的候选基因，为辣椒开展分子标记辅助育种提供了重要的基因资源。
辣椒的基因组为什么那么大
主要是含有大量的重复序列
辣椒基因组的重复序列约有2.7Gb（占基因组大小的81%），远高于其在西红柿（479Mb，61%）和马铃薯（399Mb，61%）中的含量，并且以Gypsy（54.5%）和Copia（8.6%）两种类型的重复序列为主。进一步的进化分析表明Gypsy在约30万年时发生了大规模的扩张和复制，导致辣椒基因组是西红柿和马铃薯基因组大小的4倍。
