赫兹是因为败血症去世的。
1892年，赫兹被诊断出感染韦格纳肉芽肿，发病时会有剧烈头痛，他曾尝试去治疗这种疾病。1894年，赫兹因为败血症在德国波恩离世，享年36岁，他死后被安葬在Ohlsdorf汉堡的犹太墓地。
赫兹死后留下了妻子伊丽莎白·赫兹（原名：伊丽莎白·道欧）和两名女儿乔安娜和玛蒂尔德。妻子在他死后并没有改嫁。1930年代，希特勒崛起，他的妻子和两名女儿也从德国搬到英国。1960年，查尔斯萨·斯坎德拜访了玛蒂尔德·赫兹，询问有关她父亲的事，并在不久之后出版了一本有关海因里希·赫兹的书。根据查尔斯萨的书指出，赫兹的两名女儿都没有结婚，因此他没有任何后裔。
