膜转运蛋白共有三类，分别是：
1.载体蛋白，是多回旋折叠的跨膜蛋白质，它与被传递的分子特异结合使其越过质膜，其机制是载体蛋白分子的构象可逆地变化，与被转运分子的亲和力随之改变而将分子传递过去载体蛋白和离子通道是细胞膜表面蛋白质辅助物质运输（非自由扩散）的主要方式，这两种蛋白统称膜转运蛋白，都属于整合膜蛋白——载体蛋白又称通透酶，分为可动离子载体（不依赖ATP）、ATP泵、偶联运输泵（伴随运输）、光驱动泵四种，后三种属于主动运输，第一种属于协助扩散。
2.通道蛋白，是横跨质膜的亲水性通道，允许适当大小的离子顺浓度梯度通过
3.离子泵，能驱使特定的离子逆电化学梯度穿过质膜，同时消耗ATP形成的能源，属于主动运输。四种ATP驱动泵离子通道介导的膜转运都属于协助扩散，根据激活方式，它们分为水孔蛋白、配位门通道、电位门通道、压力激活通道四种，分别起到运输水、阴阳离子、感受电位变化、感受离子浓度的作用（水孔蛋白只是个疏水的“圆筒”）
