不能分两次扣。在记分周期内扣12分的，需要去学习科目一（学习7天），然后参加车管所安排的考试，考试及格了清除扣分。
依据《中华人民共和国道路交通安全法》
第二十三条 公安机关交通管理部门对机动车驾驶人的道路交通安全违法行为除给予行政处罚外，实行道路交通安全违法行为累积记分（以下简称记分）制度，记分周期为12个月。
对在一个记分周期内记分达到12分的，由公安机关交通管理部门扣留其机动车驾驶证，该机动车驾驶人应当按照规定参加道路交通安全法律、法规的学习并接受考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证考试不合格的，继续参加学习和考试。
2张闯红灯罚单可以分两次
可以分开来扣的。因为闯红灯是两次，每一次用一个机动车驾驶人处理，就可以用二个人的驾驶证处理两个闯红灯违章。在《道路交通安全违法行为处理程序规定》中，并没有要求一辆机动车只能一个驾驶人处理机动车违法行为，因此闯了两个红灯是可以分开来扣的。
