区别：一、传令的形式不同。令牌是将“令”写在牌子上，有持令人保存令旗是将“令”字印在旗上，有持旗人手持。
二、发挥的作用不同。令牌是持牌人传达发令者的指令，起到指挥作用令旗是打起领军者的旗帜，起到鼓舞士气、震慑敌人的作用。
三、使用方式不同。令牌具有单一性，谁持有令牌谁就有军队指挥权而令旗具有公开性，受主帅委托任何人都可持旗。譬如：穆桂英挂帅的“穆”字令旗，就在阵地上方空中飘荡。
