孵化器材的消毒方法多采用熏蒸、浸泡、冲洗、擦拭等手段进行。孵化器和出雏器经冲洗干净后，用过氧乙酸喷洒消毒。出雏盒、蛋盘、蛋架等用次氯酸钠或新洁尔灭溶液浸泡或刷拭干净后，再用甲醛溶液熏蒸1小时。
种蛋在入孵当天、19日龄种蛋落盘后，在出雏器内用甲醛（/立方米），熏蒸半小时。每出一次雏鸡，所有使用过的器具，如孵化器、出雏盒、蛋盘、蛋架等都要进行彻底清洗擦拭、喷洒和熏蒸消毒。将蛋皮等废弃物进行深埋、焚烧等无害化处理。
