也叫生理钟，是决定生物生理活动的周期性波动的内生节奏。它是生物对环境昼夜与季节变化的适应，在生物界广泛存在。
有些花只在清晨开放发光单细胞藻膝沟藻的发光量有昼夜变化，近午夜时达到高峰。气孔开关、细胞分裂、胚芽鞘的生长等都有昼夜起伏变化。很多种植物的花原基形成、芽休眠、落叶等物候期，是年周期现象的表现，其日期的确定往往取决于日照长度，而植物对长日照或短日照的反应（见光周期现象），和其内生的昼夜周期有联系。
