清理任天堂3DS游戏机SD卡的方式如下：
1、删除应用程序。进入“系统”里的“设置”，找到“应用程序”，浪费选择要清除的应用程序项目，点击“停用”即可。
2、删除垃圾文件。进入“文件管理”，选择“设置”，按文件的大小进行排列，然后一个一个的看文件，将自己认为没用的文件给删除掉即可。
