二者的主要区别如下：
第一、 黄波旁和红波旁的口感不一样：其中黄波旁的口感甜美柔畅的果实甜感，明显的坚果风味，均衡柔顺的酸度，苦感微弱干净，含有浓郁的巧克力香气和坚果风味，口感明亮清爽而红波旁会有较佳的香气，同时酸较明亮，喝起来甚至有类似红酒的风味。
第二、 黄波旁和红波旁的来源咖啡豆的颜色不一样：其中黄波旁是成熟后果实为黄色咖啡果实磨制而成而红波旁的咖啡果实的颜色最终是较熟的暗红色。
黄波旁与红波旁区别
红波旁一般咖啡树开花结果后，咖啡果实的颜色变化是由: 绿色 >转微黄色 >转微橙色 >转成熟的红色 > 再转较熟的暗红色，因此也有人称【红波旁种】，其实红波旁，也就是一般我们所说的波旁种。种在高海拔的波旁种，通常会有较佳的香气，同时酸较明亮，喝起来甚至有类似红酒的风味。
黄波旁种则是波旁种与其他品种杂交而出。因其产量较低，且较为不耐风雨，未被广泛种植。但是种植在高海拔地区时，会有极佳的风味表现，近年来较为常见。Yellow Bourbon，黄波旁，成熟后果实为黄色，最初在巴西发现，目前主要生长在巴西。通常认为，可能是由结红色果实的波旁种与一个称作““Amerelo de Botocatu””的结黄色果实的铁皮卡变种杂交后突变而来。
口感特性：甜美柔畅的果实甜感，明显的坚果风味，均衡柔顺的酸度，苦感微弱干净，含有浓郁的巧克力香气和坚果风味，口感明亮清爽。
