如果南瓜饼是已经开吃了但是吃不完，可以使用塑料袋将剩余的南瓜饼装起来，然后放进冰箱进行保存。
如果是已经煮熟的南瓜饼，但仍未使用。则最好能够放在盒子里如饭盒中，用盖子盖紧放在冰箱的冷冻室进行保鲜冷藏。
如果是未煮熟的南瓜饼，则其保存工作很简单。只需要将其放在较为阴凉干净的地方。
已经煮熟的南瓜饼在冷冻的情况下可以保存3-4天，未进行烹煮的南瓜饼在合适的保存环境下可以保存15天左右。保存南瓜饼最应做到的就是保持阴凉，干燥清洁。
