黄骨鱼喜欢生活在水流速度缓慢的、食物比较丰富的地方，多见于有很多淤泥或水草的河流、湖泊的浅水区。
黄骨鱼白天喜欢栖息在比较大的岩石的阴影中或者石缝之中，在夜晚的时候才会到岸边出来活动和觅食。由于它们对水温的要求并不高，所以它们在南方地区、华北地区乃至我国北边的东北地区都有分布。
