由于在饮水机与水桶交界处，易清洗不彻底，容易积存水，水中含有少量细菌，时间久后细菌生长、繁殖增快。饮水机衔接口处的水与桶里干净的水相通，细菌可能会随着衔接口处的虹吸作用，污染到桶内干净的水。
虽然饮水机的水会加热，但还是有部分水加热不充分，存留部分细菌，随后会被饮用。饮水机内的水可能不是彻底消毒、加热的水，或由于其他因素，导致饮水机内打出来的水不安全。因此饮水机内的水1个月内可以饮用，超过1个月后应更换一桶新的饮用水，或彻底清洁饮水机与水桶的衔接处。
