1、定义上的不同：系统软件是指控制和协调计算机及外部设备，支持应用软件开发和运行的系统，是无需用户干预的各种程序的集合。应用软件是和系统软件相对应的，是用户可以使用的各种程序设计语言，以及用各种程序设计语言编制的应用程序的集合，分为应用软件包和用户程序。
2、特征上的不同：系统软件的主要特征是与硬件有很强的交互性，且能对资源共享进行调度管理，能解决并发操作处理中存在的协调问题。其中的数据结构复杂，外部接口多样化，便于用户反复使用。应用软件是利用计算机解决某类问题而设计的程序的集合，供多用户使用。
3、功能上的不同：系统软件在为应用软件提供上述基本功能的同时，也进行着对硬件的管理，使在一台计算机上同时或先后运行的不同应用软件有条不紊地合用硬件设备。
