新鲜木耳一般可以放置两天左右的时间，经过干制以及包裹处理的新鲜木耳，一般可以存放两年左右的时间。无论是什么品种的木耳，为了能够长时间保存，采摘后的鲜品都会进行干制处理。干制木耳通常是采用阳光暴晒的方法，鲜品晒干大致需要一到三天。
晒干之后的木耳，通常会用塑料农膜进行包裹，之后存放于冰箱冷藏室中，一般可以存放两年以上不会发生霉变。如果干制后的木耳是自然存放在干燥的室内，没有进行任何包裹处理，也能保存数月不会坏掉。
泡发干木耳注意要使用冷水，使用温热水泡过后的木耳，不仅不易充分发开，口感还会绵软发粘，其中部分营养物质也会被随之溶解。泡发后的干木耳，如果一次性吃不完，可以用冷水每天都淘洗一遍，一般存放3~5天是不会变质的
