生长期
在蓝藻的生长初期，一般不容易观察出这个时期的生成，但是池塘的一些状况可以看出这个阶段的生成，比如天气高温、水有些发浑、水体中有机质丰富等，如果池塘具备了这些特征，那么蓝藻就容易生长，为杜绝这个阶段的生成，全池泼洒沸石粉10公斤/亩，使之絮凝蓝藻间隔3—4小时后全池泼洒溶藻芽孢杆菌(侧孢芽杆菌)，用量为500克/亩。将逐渐产生的有机质分解掉。
早晨用生物蓝藻灭水体泼洒，3小时后使用复合枯草芽孢杆菌加适量池水浸泡3小时以上，因此种水体容易缺氧，水体需注意增氧，夜间抛洒氧源。光合细菌调节水质，控制水体中氮磷的含量。
高峰期
在蓝藻生命周期的中间十天这个时期中，藻类的数量会急剧升多，蓝藻大量出现，在有风或者开增氧机的情况下，水面会呈鲜亮的绿色（这是和老化水的一个区分点），下风口会有油漆状膜出现，水的透明度极低，处在这个时期的藻类生命力最为旺盛。如果您塘口的藻类是处于这个时期，那么除藻的的唯一途径就是使用杀藻的专用制剂（精博苔藻双杀全塘泼泼洒），虽然微生物制剂会有抑制藻类的作用，但因这个时期藻类的生命力最为顽强，因此一般的微生物制在此时都没有任何效果。
同时需注意的是，如果在这个时期杀掉了蓝藻，晚上需要打足氧分和补充钙质（建议使用精博葡萄糖酸钙，补钙的同时又增氧），还要在杀藻后的3天内注意巡塘防止死亡的藻类在池底厌氧发酵而产生有害物质，此时要使用（精博的碧水爽）分解除这些藻毒素，同时使用（精博粒粒爽加益菌元）进行立体调水。
老化期
在蓝藻生命周期的后十天这个时期水体蓝藻含量极高，不建议等到后期才处理，一般建议早发现早处理。
危害
在一些营养丰富的水体中，有些蓝藻常于夏季大量繁殖，并在水面形成一层蓝绿色而有腥臭味的浮沫，称为“水华”，大规模的蓝藻爆发，被称为“绿潮”（和海洋发生的赤潮对应）。绿潮引起水质恶化，严重时耗尽水中氧气而造成鱼类的死亡。更为严重的是，蓝藻中有些种类（如微囊藻）还会产生微囊藻毒素（microcystins，简称MCs），大约50%的绿藻中含有大量MCs。MCs除了直接对鱼类、人畜产生毒害之外，也是肝癌的重要诱因。
受其它藻种的生长制约，蓝藻并不可能在常温条件下大规模暴发，水温25—35℃时，蓝藻的生长速度才会比其他藻类快，故温度是蓝藻暴发的主要因素之一。养殖水体中富营养化，蓝藻比较容易生长，所以不经常换水的池塘往往更容易暴发蓝藻。有机磷是蓝藻生长的必须因素，治理蓝藻最直接最根本的办法就是除去有机磷。蓝藻暴发的成因为富营养化。要处理蓝藻，则首先要摸池塘里的藻类处于生命周期的哪一个阶段，以便对症处理。
无害处理
2020年1月13日，从中国科学院南京地理与湖泊研究所获悉，该所陈开宁研究员领导的河湖生态治理与修复团队新近研发出一种蓝藻无害化处理的新技术。该技术能有效对湖湾和湖滨湿地内堆积的蓝藻进行富集、消解和转化，以促进湖泊生态系统实现良性物质循环。
此次，科研团队充分利用生态系统的自我调节功能，达到蓝藻无害化处置的目标。本研究的核心突破在于自主研发出一种新型复合改良剂。这种改良剂能快速将水面漂浮的蓝藻形成团聚体并沉降到水底，并有效抑制其释放次生有害物质。在蓝藻更容易聚集的湖滨湿地区，新型改良剂还能促进蓝藻富含的营养物质被湿地植物高效利用，最终实现湖滨带营养物质的良性循环。
预防
在高温季节，水体中的磷往往不足以供应绿藻、硅藻等藻类的生长需要，使这些藻类的生长繁殖受到限制，蓝藻就乘机生长爆发，所以适量施磷肥，培养有益藻类，可有效预防蓝藻的发生。
