1、有机酱油采用的是有机农作物为原料酿制的酱油，而普通酱油使用普通原料酿制的酱油；2、有机酱油只能使用在有机国标附录上标明可以使用的辅料和添加剂，普通酱油只要符合添加剂使用国标就可以了；3、有机酱油生产过程必须使用非转基因非诱变菌种，生产过程中不能使用任何化学处理。普通酱油没有这方面要求。
