1、工作任务不同：中统的工作重心是监控国民党机关内部情况、打击党派、控制社会舆论和思想；而军统的主要任务是收集各类情报、监视军队，暗杀敌对势力。2、所属机构不同：中统的是党中央的；而军统的是直接属于国民党军队的。3、管辖领域不同：军统主要管辖军队、警宪、交通部门；而中统主要管辖国民党的党务问题。
