防止霉豆腐长黑毛的方法是控制环境的温度和湿度。霉豆腐发酵中长出来的黑毛是黑曲霉，可引起食物、谷物和果蔬的霉腐变质，有的还会产生致癌性的黄曲霉毒素。一般在高温、高湿环境下，黑曲霉容易大量生长繁殖。因此，一定要注意控制封存霉豆腐的温度和湿度。
