一般柠檬园较疏松肥沃的土壤，又经30～80厘米深土层扩穴改土的，根群多分布在表土以下10～40厘米深的土层中。
地下水位高或底土瘦瘠硬实，根群分布就浅，主要根系只分布在表土下5～30厘米深的土层中。若土层特别深厚、疏松与肥沃，根系深度可达60厘米以下。水平根的分布范围，通常相当于冠幅的2～3倍，近地面处的分布范围最广，越向下，伸展范围越小，因此，整个根系呈倒圆锥形。
