南京城门为聚宝门(今中华门)、三山门(今水西门)、石城门(今汉西门)、正阳门(今光华门)、通济门、太平门、神策门(今和平门)、全川门、钟阜门(今新民门)、朝阳门(今中山门)、清凉门、定淮门、仪风门(今兴中门)。有的城门建有瓮城,为军事所需。聚宝门前临长干桥,后倚镇淮桥,三道瓮城有四道拱门贯通,各门均有上下启动的千斤闸和双肩木门。
第一道城门设有旗杆,上有敌楼。城墙外设置砖垛,上有望口和射洞。在城墙基部埋有石刻武士像,作为“镇城”之用,同时也有标方位的功能。