相同点：易操作，繁殖快、成本低、易于工业化生产。
不同点：
1、大肠杆菌表达系统转录信号与酵母系统不同，与核糖体的结合位点不同
2、大肠杆菌中表达不存在翻译后修饰作用，故对蛋白质产物不能糖基化酵母菌具有原核细菌无法比拟的真核蛋白翻译后加工系统。
3、大肠杆菌表达系统由于分泌能力不足，真核蛋白质常形成不溶性的包涵体，表达产物必须在下游处理过程中经过变性和复性处理才能恢复其生物活性酵母菌具有真核生物表达系统基因表达调控和蛋白质修饰功能，避免了产物活性低、包涵体变性复性等问题。
