虎门大桥桥址两岸为低山丘陵地带,东岸是虎门的威远山,西岸是南沙的南北台,江中心为上横档岛和下横档岛。整个江面宽约3.5公里,从东岸的威远山到江中心上横档岛的水道称为虎门水道,最大水深21米,从江中心上横档岛到西岸的水道称为蒲州水道,最大水深19米。