因初建时，每座房子都为三栋式建筑，故名三栋。
1949年后属惠阳县永湖区。1973年析置三栋公社，1975年划归惠州市。1983年改区，1986年置镇。东南部为冲积平原，西北部为丘陵。主产稻、甘蔗，并产水果、冬瓜、淮山药、生姜。特产“三栋沙梨”。有毛纺、手套、农副产品加工等厂。惠澳公路经此。纪念地有邓演达故居。
