不合理的围海造陆带来的生态负效应主要有：
1、围海造陆地带来赤潮。围海造陆使海水潮差变小，潮汐的冲刷能力降低，港内纳潮量减少，海水的自净能力也随之减弱，导致水质日益恶化，加上围海造陆的陆地主要用于城市建设和工农业生产，各种污染物较多，尤其是各种污水直接排入大海，导致海水富营养化的可能性大大增加，从而可能引发赤潮的概率也大大增加，给沿海的海水养殖业和海洋渔业生产带来巨大的危害。
2、引发洪灾。1994年夏季，华南地区发生了200年一遇的特大洪水，但气象专家却说降水量并不是很大，这是因为围海造的陆地阻塞了部分入海河道，影响了洪水的下泄，同时，洪水造成的内涝，使较多的地表水下渗到地下，而围海造陆又导致某些天然泄出口受阻，因此又造成局部地下水位上升，广州、深圳近年来发现不少楼房基础受地下水浸泡，甚至导致楼房开裂、地下室进水等现象都与地下水位上升有关。
3、毁掉大批红树林。
4、不合理的围海造陆，破坏海岸自然景观环境，破坏海洋生物链，使海洋生物锐减，造成生态环境和社会经济问题，不少海湾的自然环境因不合理的围海造陆活动而改变，严重损害了其栖息生物的生态环境，导致原有生物群落结构的破坏和物种的减少。例如，北海由于填海建港，填海造地、岸线缩短，湾体缩小，人工海岸比例增高，浅滩消失，海岸的天然程度降低，损害生物的生态环境，使海洋渔获量减少，物种也减少很多。
