方法一：秸秆堆沤发酵
秸秆堆沤就是利用一系列微生物对作物秸秆等有机物进行矿质化和腐殖化作用的过程。通过堆沤可使有机物质的碳氮比变窄，有机物质中的养分得到释放，同时可减少堆肥材料中的病菌、虫卵及杂草种子的传播。因此，堆肥的腐熟过程，既是有机物的分解和再合成的过程，又是一个无害化处理的过程。
方法二：制作饲料
农业生产遗留下的大量秸秆经过处理后，也能成为畜牧生产中的可利用资源。
物理处理法：
1、将收获后的秸秆及时晒干，以免发生霉变。
2、把晒干的秸秆切短即可。一般粗硬的秸秆，比如说高粱秆、玉米秆，要切得短一些，最好不要超过1厘米。细、软一些的秸秆，比如说麦秆、稻草等等，可以切得长一些，一般在3厘米左右。
生物处理法：（以制作1000公斤秸秆粉为例）
1、把秸秆发酵剂活化，就是把秸秆发酵剂加入到1000克30℃的温水中，然后再加入0.5公斤的红糖，搅拌均匀，等到充分溶解以后，放3到5天左右，菌种的活化就基本完成了，活化好的菌种应该密封保存。然后把活化好的菌剂用1：300左右的水稀释以后备用。
2、准备玉米面30公斤，玉米面要和秸秆粉交替使用。首先，在袋底辅一层10～20厘米厚的秸秆粉，一边装一边要压实，每层秸秆铺完后要撒一层玉米面，循环反复。直到秸秆粉装到离袋口20～30厘米后压实，封严。这里面要注意，尽量排出袋里面的空气，进行密封发酵。
3、发酵的时间与环境温度关系很密切，一般10℃以上开始发酵。温度高，发酵就快。当气温在20℃以上时，发酵一般需要5天左右气温在15℃左右时，就需要10天左右的时间。
4、当秸秆粉发酵好后，每次取料后要立即扎好袋口，注意密封保存，随喂随取。
