1、产权关系不同
加盟是独立主体之间的合同关系，各个特许加盟店的资本是相互独立的，与总部之间没有资产纽带直营连锁属于同一资本所有，各个连锁店由总部所有并直接运营、集中管理。
2、法律关系不同
加盟连锁中特许人和被特许人之间的关系是合同关系，双方通过订立特许经营合同建立起关系，并通过合同明确各自的权利和义务。而直营连锁中总部与分店之间的关系则由内部管理制度进行调整。
3、管理模式不同
加盟连锁的核心是特许经营权的转让，特许人是转让方，被特许人是接受方，特许经营体系是通过特许者与被特许者签订特许经营合同形成的。直营连锁经营中，总部对各分店拥有所有权，对分店经营中的各项具体事务均有决定权。
4、涉及经营领域不同
直营连锁的范围一般限于商业和服务业，而加盟连锁（特许连锁）的范围则宽广得多，除商业、零售业、服务业、餐饮业、制造业、高科技信息产业等领域外，在制造业也被广泛应用。
5、经营模式不同
直营店有两种模式，一种是转让店直营，一种是自租直营。首先转让直营店，这种模式就是别人把这个店转让给你，店里有的任何东西一起转让。
专卖店的直营和加盟的区别
区别：
产权关系不同——也是本质区别
特许加盟店，与品牌总部一般是建立独立主体之间的合同关系，资本基本是相互独立的，与总部之间除了合同规定的相关细则之外，并无资产
法律关系不同 。
特许加盟，是一种特许连锁方式，由特许人——品牌总部和被特许人——加盟店经合同建成关系，通过合同明确双方的权利和义务，由此，加盟店
管理模式不同 。
特许加盟店的核心一般是品牌总部对于特许经营权的转让，这一点，由初期缴纳的费用(加盟费、管理费、保证金)得以体验，品牌总部是转让方
