南瓜起源于亚洲南部，主要分布在中国、印度及日本等地，欧美甚少，故有“中国南瓜”之名。后来根据考古资料及品种资源的分布，确认南瓜起源于中、南美洲。南瓜在中美洲有很长的栽培历史，早在公元前8500年，美洲南瓜就伴随着人类，而人类栽培它则在公元前4050年。
在墨西哥奥坎波洞窟和秘鲁胡阿沙。普番塔遗址的出土发掘中发现，最早的中国南瓜和墨西哥南瓜残片在公元前5000~3000年就已存在。至于南美洲唯一起源的印度南瓜，在秘鲁圣？里约哈纳斯遗址，出土的印度南瓜残片不早于公元前1800年。
