主要区别在于散热降温方式不同。
摩托车链条风冷机带有散热片，靠骑行的风来制冷，靠中缸和缸头的散热片。
水冷机是靠水来制冷，中缸和缸头是光滑的，也有散热片款带有风扇，有控制开关，达到一定温度，风扇自动旋转转。因而散热制冷效果好。
水冷机更适合长途骑行。
