CT与MR各有其优缺点。
CT的优点是扫描速度很快，安静，被检查者不知不觉中就完成了检查。但是缺点是有X射线辐射还有就是对软组织分辨力相对不高。
MR的优点是没有电磁辐射，对软组织分辨力较高，尤其适用于神经系统，还可以有多种功能成像。但是缺点是检查时间长，检查时声音较响、噪声大，还有对含气组织（如肺）效果不佳。
