首先可以采用人工清理的办法。也就是把车辆安装的水箱拆下来，用人工的办法，锤、刮及铲等措施去除水垢。但是这种去垢办法效率很低，而且劳动强度较大，也不易除净，在处理不当的时候，还易出现水箱再次损害，因此必须注意。
2、也可以使用专用水箱除垢剂处理。也就是直接把水垢清洗剂倒到汽车水箱中，在这个系统中，让水箱得到充分浸泡，随后车辆行驶大约30分钟左右就可以了，把水箱内除垢剂放掉即可。这时还要加水进行反复冲洗，必须冲洗干净，才可以有效清除水循环中水垢、锈及泥等各种物质。
