垂直管理单位是为了保证中央政府的权威性，一些有特殊权利或地位的业务单位，其工作内容只对中央政府负责，不适合由地方政府管理，他们的人员，财务等不受地方政府管辖，工作时可以最大限度减少地方政府的牵制和干预。
如财政部驻省专员办，海关，税务，烟草等部门。
因为他们的工作内容对地方利益有影响，人财物再受到地方辖制，工作也不好开展，所以有必要采取垂直管理的模式。
