一般而言,村干部管理办法有组织部门和民政部门指定。因为组织部门是管理党员、管理干部的重要职能部门,负责村干部的日常管理,也负责村干部工资的日常发放和维护。而民政局则负责村民委员会的日常管理和监督。所以,村干部管理办法一般是有组织部门和民政部门制定。