北京大学深圳医院位于广东省深圳市福田区莲花路1120号，附近的站台有北大医院，景鹏大厦站，可乘坐11路、12路、14路、58路、71路空调、104路、323路等公交车，在北大医院站下车即到。
地铁路线，乘坐地铁2、9号线，在景田站下车即到。乘坐地铁4号线，在莲花北站下车往前走200米左右即到。
