新农村合作医疗电子转诊证明办理是具体流程如下：1、参合患者持居民健康卡（或合作医疗证）、身份证（或户口簿和监护人身份证）到参合地的新农合经办机构办理转诊手续2、经办人员通过同级业务信息系统、省级新农合信息平台或国家新农合信息平台填写转诊内容3、各级新农合相关信息系统按照规则生成跨省就医联网结报转诊单编号，作为转诊单的标识符
