因为朱元璋当时用的是小明王的名义起义，小明王不死的话朱元璋没有办法名正言顺的做皇帝，因此朱元璋为了皇位杀了小明王。
龙凤十二年十二月，韩林儿因船翻沉入江中而死。当初，朱元璋驻扎和阳时，郭子兴去世，韩林儿任命郭子兴之子郭天叙为都元帅，张天祐为右副元帅，朱元璋为左副元帅。
当时朱元璋孤军守城，而韩林儿因自称宋朝后裔，四方起而响应，于是朱元璋便用其年号以号令军中。因此在朱元璋打下了天下后，理应是首先推举韩林儿为皇帝，但朱元璋想要自己做皇帝，因此害死了韩林儿。
朱元璋在杀了小明王做了皇帝以后，对中央集权进行了改革，在中央废除中书省，明初中书省负责天下政务，其长官为左、右丞相，位高权重，丞相极易与皇帝发生矛盾，明朝时以胡惟庸任丞相后最甚。胡惟庸势力逐大，威胁皇权，且日益骄横，懈怠政事。
于是，洪武十三年，朱元璋以图谋不轨之名处死了胡惟庸和有关的官员，同时宣布废除中书省，不再设丞相。在地方废除行省制，设立承宣布政使司、都指挥使司和提刑按察使司。
分别担负行中书省的职责，三者分立又互相牵制，防止了地方权力过重。在各府县的重要地方，朱元璋还设置了巡检司，负责把关盘查、缉捕盗贼、盘诘奸伪。
