主要是受外界条件的影响和树体养分不足所致。因为在同一植株上，小核果的竞争不及大核果。
当环境条件不良、养分不足时，首先脱落的是小核果，保留的是大核果，这就使小核果比率降低，大核果比率提高。
若情况相反，则小核果的比率提高，大核果的比率降低。
同一棵荔枝为何有大核小核
因为顶端优势，所以营养分布不均匀，才会有同一棵荔枝有大核小核这种现象。
植物在生长发育过程中，顶芽和侧芽之间有着密切的关系。顶芽旺盛生长时，会抑制侧芽生长。如果由于某种原因顶芽停止生长，一些侧芽就会迅速生长。这种顶芽优先生长，抑制侧芽发育等现象叫做顶端优势。
同一棵荔枝为何有大核小核
品种遗传特性是主因，外界环境同样会影响
核的有无或大小是果实的重要品质性状。有关荔枝的胚胎学研究表明，通常荔枝种子的胚是由合子发育而成，受精极核作为提供营养的起始细胞而存在。
由于受诸如环境、内源激素和营养水平等的影响，荔枝多数品种的胚囊在发育过程中都有可能出现败育，从而产生小核、焦核。
但从已有的资料看，无核荔枝形成的原因有的是单性结实，有的是由于卵器细胞或反足细胞解体而不能形成合子即所谓的雌性不育，也有研究认为无核荔枝是由于受花期低温影响，在受精过程中，精子不能进入卵膜或进入卵后雌雄核不融合，导致卵受精失败并退化的结果。
因此，简单来说，小核率和无核率不稳定的原因主要是由其品种的遗传特性决定，此外，外界环境条件，特别花期温度高低也是造成其不稳定的重要原因。一般花期高温的年份，桂味和无核荔的大核率增高，相反，低温的年份则是小核率和无核率的比例增大。
