菏泽学院的前身为菏泽第一师范学校，成立于1949年，1978年经国务院批准为普通高等专科学校。2004年5月经国家教育部正式批准，由菏泽师专、菏泽教育学院、菏泽广播电视大学、菏泽师范、菏泽农校等五所大中专院校合并成立菏泽学院。
2009年4月26日，菏泽学院举行建校60周年庆典，18000余名在校师生与应邀出席庆典仪式的贵宾、海内外的历届校友共同祝贺该校60岁生日。
