1、可杀灭水中的致病菌和浮游生物，提高养殖所用的水体的卫生质量。臭氧对水产养殖中一些使鱼虾患病的病菌、病毒如鳗弧菌、疖疮病菌、杆状病毒及腹水性病毒等，均有杀灭作用。
2、可降解水中的有机物、氨氮、亚硝酸盐等对水产品有害的物质。
3、可大大提高鱼、虾、贝类育苗率和养殖的成活率。为净化养殖所用的水源，现多采用氯、石灰等物质对水源进行处理，虽然可起到杀菌、灭虫的作用，但其产生的二次污染也会影响鱼虾等幼苗的存活率和幼苗的健康生长。应用臭氧技术净化育苗水源，不但具有杀菌消毒、分解污染物的作用，且不会产生二次污染，并能增加水体中的含氧量。目前，在国外工厂化水产养殖过程中，很多养殖场都采用臭氧技术和设备来净化水源。
臭氧水产养殖的利弊
臭氧在水产养殖中的利：
1.臭氧可以从根本上改善养殖育苗水质、可防治病害，控制赤潮及灭菌消毒等。经臭氧处理后的水可以改善细胞呼吸条件，促进生物生长。用其进行水产育苗和幼鱼培育，可以大幅度降低幼苗死亡率，大大提高鱼、虾、贝类育苗和养殖的成活率。
2.臭氧具有强烈的杀菌消毒和水质净化作用，而且无毒无害，是水产养殖和育苗生产中最理想的杀菌净化剂，对防治鱼、虾、海胆、河蟹、甲鱼等生物病害，改善水产养殖的生态环境起到重要作用。
3.明显提高饲料的转化率，促进生长，提高产量。
4.应用臭氧可降解水中的有机物、氨氮、亚硝酸盐等物质，并杀灭水中的致病菌和浮游生物。
5.避免水质污染，如赤潮的发生避免因周边养殖池的污染、病毒而造成的交叉感染避免水质恶化和池底污染。
6.降低消耗，降低生产成本。总之水产养殖中使用臭氧消毒设备，成套的设备价格并不高，一次性投资也不大，而且可节约各种消毒剂，抗菌素，还可以减少换水量，节约燃料煤，应用臭氧育苗，其成活率至少可提高一倍以上而且一套设备可使用数年，从而既可大大节省养殖成本，又可培育出绿色环保食品，从各个方面讲是比较经济的。
臭氧在水产养殖中的弊：
养殖成本较高。
臭氧水产养殖的利弊
经臭氧处理后的水可以改善细胞呼吸条件，促进鱼虾生长。用其臭氧水产育苗和幼鱼培育，可以大幅度降低幼苗死亡率，使鱼的食物转化率可以显著提高。
使用臭氧净化养殖用水的育苗场和养殖场，基本上都不发生细菌性或病毒性疾病，并且养殖水产动物的成活率和产量均有大幅度提高。
