差别不大。
首先从学校来讲，河海是211双一流大学，水科院啥也不是。从专业来讲，河海港航全国并列第一，水科院的水文啥也不是。从行业认可度来说，河海大学水利行业全国大小单位都认，校友一大堆，水科院的认可度主要集中在北京的水利单位，出了行业，不管是人才引进考公务员还是去其他不限制专业的岗位，河海远比双非水科院强。从生源质量来讲，这两年水科院一般都招点双非二本学生，河海生源远比水科院好。从专业前景来说，感觉这俩都不怎么样。
希望对你有帮助。
