双向电泳原理简明，第一项进行等电聚焦，蛋白质沿pH梯度分离，至各自的等电点随后，再沿垂直的方向进行分子量的分离。原理蛋白质首先在薄条凝胶中通过等电聚焦分离。然后将凝胶水平放置在第二个平板状凝胶上，通过SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳分离蛋白质。水平分离反映了pI的差异垂直分离反映了分子量的差异。
