种子萌发及植物其他各项生命活动所需要的能量，都储存在细胞内的各种有机物中。有机物中储存的能量是通过呼吸作用释放出来的。
生物体都能够利用氧气将细胞内的有机物分解为二氧化碳和水，同时释放出有机物中储存的能量。生物体的这一过程就是呼吸作用。呼吸作用释放的能量除了满足生物体生命活动需要以外，还有一部分转变成热，释放出来。种子的萌发能够产生大量的热，就是这个原因。
种子萌发时的呼吸作用与吸水过程相似，也可分为三个阶段：
（1）种子吸胀吸水阶段，呼吸作用也迅速增强。此时的呼吸主要是无氧呼吸，由已存在于种子细胞中、在吸水后活化的酶所催化
（2）吸水停滞阶段，呼吸也停滞
（3）再次大量吸水阶段呼吸作用又迅速增强。此时胚根突破种皮，进入有氧呼吸阶段。
种子萌发时主要进行什么呼吸
植物的呼吸作用是吸收空气中的氧气，分解有机物为二氧化碳和水，并且释放出能量，一部分能量以热能的形式散失到外界环境中，一部分为生命活动提供动力。呼吸作用的场所是线粒体。在种植农作物时要及时松土，排出多余的水分，这样土壤松软，氧气易进入，有利于植物的根进行呼吸作用同时储存粮食时要保持在干燥和低温的环境条件下，储存水果在保持在低温或氧气浓度低的地方，这样做的目的是抑制呼吸作用，减缓有机物的分解。
因此，细胞利用氧气，将有机物分解成二氧化碳和水，并将储存在有机物中的能量释放出来，供给生命活动需要，这个过程叫呼吸作用 。
