因为鱼虫可能会携带有害菌和寄生虫，导致金鱼患病，而且长期投喂鱼虫会导致金鱼挑食。
若是养殖者使用鱼虫的时候方式不当，也可能产生一定的危害。比如，若给鱼类投放的鱼虫过量了，导致在水中残留了很多的鱼虫，那么这些水蚤就可能对水质有所影响，此时也会致使水中滋生一些细菌。另外，若养殖者不注重食物的合理搭配，只给鱼类吃鱼虫这一种食物的话，那么可能导致鱼类出现挑食的现象，这也算是它们的害处之一。
