主要区别是权限不同。
分公司是企业集团的下属单位，人、财、物权限统一由企业集团管理。
直营店是独资经营，人、财、物不接受企业集团的管理，仅仅是给企业集团交纳一定的经营管理费用。
分公司和直营店的区别
分公司(branch company)是指在业务、资金、人事等方面受本公司管辖而不具有法人资格的分支机构。分公司属于分支机构，在法律上、经济上没有独立性，仅仅是总公司的附属机构。分公司没有自己的名称、章程，没有自己的财产，并以总公司的资产对分公司的债务承担法律责任。
直营店是指由总公司直接经营的连锁店，即由公司总部直接经营、投资、管理各个零售点的经营形态。总部采取纵深似的管理方式，直接下令掌管所有的零售店，零售店也必须完全接受总部指挥。
