最初，副栉龙被认为跟栉龙有亲缘关系，因为它们的冠饰外型相似。但是不久后，副栉龙重新被归类于赖氏龙亚科。副栉龙常被认为是赖氏龙的支系，不同于有头盔状冠饰的冠龙、亚冠龙、赖氏龙。
与副栉龙最亲近的属是发现于中国东北黑龙江地区的卡戎龙，卡戎龙与副栉龙的冠饰非常相似。
短冠副栉龙的较圆、短冠饰，显示它可能是副栉龙三个种最基础、原始的一种，或者是小号动物特征
