黑衣组织要干掉赤井秀一发生在第551集。
剧情中，黑衣组织怀疑从FBI中夺回来的水无怜奈的忠诚度，所以让她引诱赤井秀一并且杀掉他。但是这个情况被柯南预判到，柯南和赤井秀一知道了水无怜奈是CIA特工卧底到黑衣组织，因此与水无怜奈设计了赤井秀一假死事件，并且获得成功。
